Споменава се още по времето на Нягое Басараб (1512-1521 г.), когато е отбелязан при една размяна на имения между неговия игумен и ключаря Маня от Персани, основател на манастира Сяка-Мушетещи. През 1625 г. Александру Коконул го прави метох на Светогорския манастир Кутлумуш. Земетресението от 1628 г., както и няколко пожара обаче разрушават стария монашески център. Поради тази причина, през 1645 г., по време на царуването на Матей Басараб, манастирът е възобновен от великия ага Дийку Буйческу. Разрушен е отново поради превратностите на времето и през 1980 г. започват обширни възстановителни работи, които постепенно възстановяват манастира до състоянието, в която се намира днес. Чрез своята архитектура, манастирът Клокочьов, въпреки промените, направени при възстановителните работи, които се стремят да запазят вида на старата обител, е сред паметниците от средата на 17 век, в които все още доминират стилистичните характеристики от времето на Матей Басараб. Разнообразието от форми е смекчено от трезвостта и простотата на конструкцията, като декорацията е използвана с мярка.