Манастирът е основан през 1515 г. по време на управлението на Нягое Басараб (1512-1521 г.) и в началото носел името Чептуроая. Първите му ктитори били банът Влад (дядо на тримата братя Бузещи), пъкалабът (управител на болярските имоти – бел. пр.) Думитру и спътарят (оръженосец – бел. пр.) Балика. Строежът е завършен едва през 1588 г. с усилията на братята Бузещи (Раду, Преда и Строе). През 1594 г. са довършени килиите и камбанарията, през 1600 г. църквата е изографисана (от зографа Михня), а през 1610 г. е добавен притвор (разрушен през 1859 г.). Манастирът Кълуй е бил използван през вековете и като некропол на фамилията Бузещи: Преда Бузеску,  велик бан на Крайова, е погребан тук през декември 1608 г., Станка – жупанка на Раду Бузеску, е погребана през февруари 1590 г. и Раду Бузеску – първи ключар, е погребан през януари 1610 г. Като метох на Божи гроб в Йерусалим, манастирът е пострадал, поради небрежността на гръцките монаси. През 1821 г. е изгорен от турците, а през 1823 г. тук идват румънски монаси. По време на игумена Кириак Ръмничяну (1823-1828 г.) са извършени няколко укрепителни дейности. През 1834 г. църквата е повторно изографисана от постелника, зографа Барбу Кошовяну. През 1856 г., отново е в състояние на разруха, като наскоро след това (1859-1861 г.), е възстановен. След одържавяването на манастирските имоти състоянието му отново се влошава. Между 1986 и 2006 г. се извършват дейности по реставрация и модернизация, с няколко постройки и внушителна трикуполна църква в традиционен стил с отворен притвор. Манастирът първоначално е бил мъжки, след това девически до 1985-1986 г., когато отново става мъжки.