Дълги години село Чернец е причина за недоразумения – болярите Бузещи (и не само те), манастирите на Говора и Тисмана, а по-късно Козия, си оспорват правото върху селото. Докато игумените и болярите търсят правата си при бана на Крайова, владетелят Михнеа Водъ (1658-1659 г.) започва строителство на нов манастир в Чернец. Работата продължил Григоре Гика (1660-1664 г.), като манастирът е завършен преди 9 ноември 1662 г. През 1663 г. манастирът Чернец е метох на манастира Тимана. По време на царуването на владетелите Шербан Кантакузин (1678-1688 г.) и Константин Брънковяну (1688-1714 г.), манастирът Тимана (чийто метох е Чернец), Говора и Козия се опитват да придобият власт над село Чернец. Въпреки че на 22 октомври 1702 г. спорът между трите манастира приключил и достигнали до споразумение, братството на манастира Чернец не получило спокойствие, главно поради желанието на Тисмана да удържи приходите, получени от мехединския манастир. Така, на 25 май 1714 г., владетелят Стефан Кантаузин (1714-1716 г.) позволява на игумена на Тисмана „да изкара свещеника Стойка от владетелската църква на Чернец“, защото не бил платил финансовите си задължения. На 18 април 1716 г. епископът на Ръмник, Дамаскин, поискал от манастира Чернец да плати дълга си, като свещениците били заплашени с низвержение. Противопоставянето продължило и през 18 в. По този повод, на 13 юни 1752 г., Великият бан Барбу Вакареску, провел задълбочено разследване относно собствеността на имотите Балта Верде и Батоци на манастира Чернец. Това е последният път, когато се прави препратка към манастира Чернец, след което в изворите се споменава само за църквата в Чернец. Основната причина за премахването на монашеската обител е липсата на сигурни приходи, които да позволят оцеляването му. Църквата е възстановена в периода 1784-1794 г. През 2005 г. обителта е възстановена като девически манастир, а през 2007 г. започват нови строителните работи.