Първата църква е построена през 1935 г. от няколко местни жители на мястото, където овчарят Петраке Лупу видял на 31 май 1935 г. “един старец с бяла брада […] който стоял като че на две длани над земята”. През 1935 г. в няколко поредни петъчни дни, Петраке Лупу вижда Стареца, който му дава заръки за света и наставления за Църквата, за правилната вяра. Скоро в Маглавит започват да пристигат по няколко хиляди вярващи дневно. В местността, където били получени откровенията, построили кръстове, оброчни камъни и дори амвон за проповед. На 14 септември 1935 г. е поставен крайъгълният камък на бъдещия манастир, като са изпратени и няколко монаси. Постепенно на брега на р. Дунав се създава и малка женска монашеска общност. Изграждането на манастира преминава през бурни етапи за период от 70 години. През 1936 г., започва издигане на различни постройки, но с доста бавни темпове. Втората световна война и последвалото установяване на комунистическия режим довеждат до разрушаване на манастира. Монашеският живот е възобновен едва през 1990 г., когато възстановителните работи са възобновени. До 2006 г. обаче работата върви тромаво. От 2010 г. Маглавитският манастир е женски. В момента строителните работи са почти завършени.