Construită în secolul al XIII-lea, în cinstea victoriei țarului Ioan Asan, la data de 9 mai 1230, asupra domnitorului din Epir Teodor Komnin, această biserică reprezintă cel mai important monument medieval din Veliko Târnovo. Până atunci, în acest loc existase o necropolă din secolul al XI-lea și, probabil, mai târziu a fost ridicată biserica „Maica Domnului“. Actuala biserică are trei abside, șase coloane în interior, mausoleu osuar și două galerii. În biserică este păstrată o pictură murală din secolul al XIII-lea. În secolul al XVIII-lea turci transformă biserica în moschee, distrugând picturile și icoanele. În Biserica „Sf. 40 de mucenici“ sunt înmormântați țarul Kaloian (mort în 1207), țarițele Ana Maria, Irina și Sf. Sava din Serbia.  În biserică a fost găsit și inelul și sigiliul țarului. De-a lungul secolelor, biserica a  fost de multe ori reconstruită. În acest loc s-au desfășurat numeroase evenimente de importanță națională, cel mai însemnat fiind proclamarea independenței Bulgariei de către țarul Ferdinand, în anul 1908. Biserica a fost declarată monument de arhitectură de importanță națională, fiind în administrarea Muzeului regional de istorie din Veliko Târnovo.