Biserica a fost construită între anii 1730-1740, sub forma unui bordei în pământ, numit în mod popular „Mahalaua din deal”. Lăcașul de cult a fost destinat inițial marinarilor care veneau să se roage la Sfântul Ierarh Nicolae. Prin 1830, în prezența domnului Țării Românești, Alexandru Ghica, și a principelui sârb, Miloș Obrenovici, a fost sfințită noua biserică. După alte izvoare, lăcașul de cult ar fi fost ridicat între 1853-1856. În 1861, biserica a suferit lucrări de prelungire și înălțare. A fost vizitată de mai multe ori de Regele Carol I, în special în timpul războiului din 1877, după care a rămas cunoscută sub numele de Catedrala Independenței. Demolată la cumpăna secolelor al XIX-lea și al XX-lea, biserica a fost reclădită din cărămidă, în forma actuală, între 1899 și 1906 (sfințită în 1910). A fost reparată integral în cursul anului 1933. A fost afectată de bombardamentele din cel de-Al II-lea Război mondial și de cutremurul din 4 martie 1977. Pictura a fost executată în anii 1909-1910, în tehnică mixtă. În 1991, s-a finalizat restaurarea picturii, iar în 2001, a avut loc resfințirea lăcașului. Alte lucrări de renovare a așezământului au fost executate între 2002-2005 și 2009-2011.