A fost atestată încă din timpul lui Neagoe Basarab (1512-1521), când era menţionată într-un schimb de moşii între egumenul acesteia şi clucerul Manea din Persani, ctitorul mănăstirii Seaca-Muşeteşti. În 1625, Alexandru Coconul închină aşezământul monahal mănăstirii Cutlumuş de la Muntele Athos. Cutremurul din 1628, şi mai multe incendii ruinează vechiul centru monahal. Din acest motiv, în 1645, în timpul domniei lui Matei Basarab, mănăstirea este refăcută de Diicu Buicescu, mare agă. Ruinată din nou din cauza vicisitudinilor timpului, în 1980, încep ample lucrări de restaurare, lucrări care au readus treptat monumentul la starea în care se găseşte azi. Prin arhitectura sa, mănăstirea Clocociov, cu toate degradările succesive, datorită restaurării care a căutat să respecte şi să păstreze trăsăturile vechii aşezări, se înscrie între monumentele de la mijlocul veacului al XVII-lea, dominate încă de caracteristicile stilistice ale epocii lui Matei Basarab; varietatea formelor este temperată de sobrietatea şi simplitatea construcţiei, la care decoraţia este folosită cu măsură.