Prima biserică a fost ridicată în 1935, de mai mulţi localnici, pe locul în care păstorul Petrache Lupu, văzuse în ziua de 31 mai 1935 „un moşneag cu barbă albă […] care stătea deasupra pământului ca la două palme”. În anul 1935, în mai multe zile de vineri, lui Petrache Lupu i se arată Moşul (Dumnezeu), transmiţându-i porunci către lume pentru îndreptarea spre Biserică, spre dreapta credinţă. În scurt timp, la Maglavit ajung să sosească câteva mii de credincioși în fiecare zi. Pe locurile unde se petrecuseră revelațiile sunt ridicate cruci, troiţe și chiar un amvon pentru propovăduirea poruncilor dumnezeieşti. La 14 septembrie 1935, era pusă piatra de temelie a viitoarei mănăstiri, fiind trimiși aici câțiva călugări. De remarcat că pe malul Dunării s-a înființat o mică obște de călugărițe. Construcţia acestui așezământ trece prin etape de zbucium timp de 70 de ani. În 1936, a început ridicarea mai multor corpuri de case, într-un ritm destul de lent. Cel de-al Doilea Război Mondial şi instaurarea regimului comunist au condus la desfiinţarea mănăstirii. Vieţuirea monahală a reînceput abia în 1990, când au fost reluate lucrările de construire a aşezământului. Lucrările au evoluat greoi, fiind intensificate abia după 2006. În 2010, Mănăstirea Maglavit a fost transformată din mănăstire de călugări în mănăstire de maici. În prezent, lucrările de construcție sunt aproape finalizate.