Multă vreme de-a lungul istoriei, satul Cerneţi a fost un motiv de neînţelegeri; boierii Buzești (şi nu numai), mănăstirile Govora şi Tismana şi, mai târziu, Cozia au reclamat dreptul lor asupra satului. În vreme ce egumenii şi boierii îşi căutau dreptatea la banul Craiovei, domnitorul Mihnea Vodă (1658-1659) a început la Cerneţi ctitorirea unei mănăstiri. Lucrarea a fost continuată pe cheltuiala lui Grigore Ghica (1660-1664), fiind terminată înainte de 9 noiembrie 1662. În anul 1663, mănăstirea Cerneţi a fost închinată mănăstirii Tismana. În timpul domnitorilor Şerban Cantacuzino (1678-1688) şi Constantin Brâncoveanu (1688-1714), mănăstirile Tismana (al cărei metoc era mănăstirea Cerneţi), Govora şi Cozia au încercat să dobândească moşia şi satul Cerneţi. Deşi la 22 octombrie 1702 disputa dintre cele trei mănăstiri a luat sfârşit, ajungându-se la o înţelegere, obştea mănăstirii Cerneţi nu va avea linişte, în principal datorită pretenţiilor Tismanei de a încasa mai toate veniturile obţinute de mănăstirea mehedinţeană. Astfel, la 25 mai 1714, domnitorul Ştefan Cantacuzino (1714-1716) îngăduia egumenului Tismanei „să scoată pe popa Stoica de la biserica domnească din Cerneţi” pentru că acesta nu-şi achitase obligaţiile financiare. La 18 aprilie 1716, episcopul Damaschin al Râmnicului cerea mănăstirii Cerneţi să-şi plătească dările, preoţii fiind ameninţaţi cu caterisirea. Împotrivirea a continuat tot secolul al XVIII-lea. Cu acest prilej, la 13 iunie 1752, marele ban Barbu Văcărescu, făcea o cercetare amănunţită asupra moşiilor Balta Verde şi Batoţi ale mănăstirii Cerneţi. Este ultima dată când se mai face referire la aşezământul monahal de la Cerneţi, după această dată se va vorbi doar despre biserica de la Cerneţi. Cauza principală a desfiinţării aşezământului monahal a fost lipsa unei averi sigure care să-i permită supravieţuirea. Biserica a fost refăcută în perioada 1784-1794. În 2005 aşezământul a fost reînfiinţat ca mănăstire de călugărițe. În 2007 au început lucrările de construcţie a dependinţelor.